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            海洋試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室: 抗新型冠狀病毒藥物篩選虛擬模型開放共享


            來源:科技日報(bào)

            [導(dǎo)讀]  青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室(以下簡稱海洋試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室)宣布:為了加速對抗新型冠狀病毒的藥物篩選進(jìn)程,通過同源模建、分子動(dòng)力學(xué)模擬等手段,構(gòu)建了可直接用于虛擬藥物篩選的靶點(diǎn)口袋。上述這些數(shù)據(jù)信息已于2月2日向全社會(huì)開放共享。

            中國粉體網(wǎng)訊  青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室(以下簡稱海洋試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室)宣布:為了加速對抗新型冠狀病毒的藥物篩選進(jìn)程,海洋試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室基于“藍(lán)色藥庫”研發(fā)基礎(chǔ),利用全國各地科學(xué)家們貢獻(xiàn)的海洋天然產(chǎn)物信息,通過生物信息學(xué)分析研究病毒基因的保守性,結(jié)合知識圖譜技術(shù)收集類似蛋白結(jié)構(gòu)信息,確立了病毒配體Spike蛋白、病毒受體ACE2蛋白、病毒蛋白酶PLpro(papain-like protease)和Mpro(3C-like protease或main protease)、介導(dǎo)病毒RNA帽子的甲基化修飾的nsp16、與病毒轉(zhuǎn)錄復(fù)制相關(guān)的RdRp(RNA-dependent RNA polymerase)和潛在的病毒用于干擾宿主免疫的X domain蛋白共7個(gè)藥物篩選靶點(diǎn),通過同源模建、分子動(dòng)力學(xué)模擬等手段,構(gòu)建了可直接用于虛擬藥物篩選的靶點(diǎn)口袋。


            據(jù)海洋試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室科研人員介紹,上述這些數(shù)據(jù)信息已于2月2日向全社會(huì)開放共享。


            據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),從開放到2月6日的4天時(shí)間里,有來自國內(nèi)外高校、醫(yī)藥企業(yè)和科研院所等近百家單位進(jìn)行了注冊下載。據(jù)分析,對目前7個(gè)靶點(diǎn)模型關(guān)注熱度不盡相同。依據(jù)下載頻次,目前關(guān)注度較高的為“Spike蛋白的RBD”靶點(diǎn),其他6個(gè)靶點(diǎn)關(guān)注度基本相似。


            共享信息發(fā)布后,多家研究機(jī)構(gòu)及藥企的科研與工程技術(shù)人員圍繞藥物虛擬篩選、篩選數(shù)據(jù)分析、藥物計(jì)算軟件開發(fā)與應(yīng)用以及化合物藥理研究等方面與海洋試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室科學(xué)家進(jìn)行了深入交流和研討,提出了許多有益的建議,并探討合作機(jī)制和途徑,進(jìn)一步推動(dòng)了相關(guān)后續(xù)工作。


            為打贏新型冠狀病毒疫情防控阻擊戰(zhàn),海洋試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室將繼續(xù)發(fā)揮多學(xué)科交叉、大平臺、大協(xié)作的優(yōu)勢,不斷拓展藥物苗頭分子篩選數(shù)據(jù)庫。目前,針對病毒靶點(diǎn)的分子對接和分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算正在緊張進(jìn)行之中,據(jù)預(yù)測有望獲得2000余個(gè)苗頭化合物,同時(shí)加速研究分子與細(xì)胞水平的生物實(shí)測驗(yàn)證。這些數(shù)據(jù)信息海洋試點(diǎn)國家實(shí)驗(yàn)室將會(huì)加快向全社會(huì)開放共享,以推進(jìn)防控藥物研發(fā)進(jìn)程。


            (中國粉體網(wǎng)編輯整理/江岸)

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