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實驗室SAXS儀器對HAS蛋白進行SEC-SAXS聯(lián)用

安東帕 2020-03-27 | 閱讀：1790

小角X-射線散射廣泛應(yīng)用于結(jié)構(gòu)生物學(xué)來確定蛋白質(zhì)的尺寸和形狀。溶液中的生物大分子可以以多種構(gòu)象存在，并且一般具有很強的團聚傾向，在沒有預(yù)先純化的情況下，對此類分子的數(shù)據(jù)解釋有時會很繁瑣。

分子排阻凝膠色譜 (SEC) 能夠根據(jù)分子的大小進行分離。SEC 與SAXS 聯(lián)用可以顯著提高數(shù)據(jù)質(zhì)量，從而提高數(shù)據(jù)解釋的準(zhǔn)確性。

簡介

小角X-射線散射 (SAXS) 是生物化學(xué)等大分子樣品研究中常用的方法。在過去的幾年里，由于光束傳輸（第3代和第4代同步加速器、現(xiàn)代實驗室X-射線源）、探測技術(shù)和數(shù)據(jù)解析方面的進步，SAXS 測量取得了顯著的增長。

在現(xiàn)代同步加速器設(shè)備中，分子排阻凝膠色譜 (SEC) 是在SAXS線站上建立的一種制備方法。尺寸不同的分子混合物（如單體、二聚體等）經(jīng)過SEC純化，可以得到單分散組分。其基本原理是不同尺寸的大分子在多孔色譜樹脂上的停留時間不同。因此，大分子比小分子的洗脫速度快，使得按大小將單個的餾分分開。SEC實驗通常是通過紫外吸收測量來確定哪個時間哪個組分被洗脫。

實驗室儀器的最新進展（如基于液態(tài)金屬靶材或高功率的封閉靶等高性能SAXS儀器）使得這種方法也可以適用于實驗室設(shè)備，為研究和常規(guī)測量提供了更多的可能性。

這里我們所示的SEC-SAXS 聯(lián)合實驗是在安東帕的SAXSpace儀器上對HSA蛋白樣品進行的，以說明在實驗室儀器上進行測量的潛力。

實驗細(xì)節(jié)和討論

使用標(biāo)準(zhǔn)的FPLC系統(tǒng)和安東帕SAXSpace儀器搭建在線SEC–SAXS 。由于在線測量的性質(zhì)，樣品的特定組分從SEC柱中洗脫時直接測量。

利用現(xiàn)代實驗室SAXS儀器的高通量，可以在短時間內(nèi)獲得足夠好信噪比的蛋白質(zhì)散射數(shù)據(jù)。

圖 1: SEC-SAXS 裝置所示 SAXSpace 儀器 (前)

和 GE ?kta Pure 25 (后)

通過將人血清白蛋白HSA溶解到緩沖溶液中，制備了人血清白蛋白樣品溶夜。所使用的緩沖溶液 (pH 7.5) 組分為20 mM 三（三（羥甲基）氨基甲烷）、150 mMol NaCl和3 % 的甘油。最終HSA濃度為20 mg/mL。

樣品在注射到SEC柱之前沒有經(jīng)過進一步的純化。使用GE ?kta Pure 25 FPLC儀器進行了分子排阻色譜分析。表1總結(jié)了SEC實驗詳細(xì)設(shè)置參數(shù)。

表 1: SEC 測量的實驗設(shè)置

SAXSpace 儀器的FlowCell中的管子可直接連接到?kta Pure 25 SEC 儀器UV 傳感器的出口，以盡量減小管子長度。

樣品已注射到SEC柱上，沒有進一步凈化。對于SEC運行，得到圖2所示的色譜圖。單體的信號（尖銳強峰）和低聚物的信號（主信號前的小峰）可以清楚地識別出來。

圖 2: HAS蛋白樣品的SEC色譜圖。單體峰位由灰色虛線表示。單體洗脫前的峰對應(yīng)不同的低聚物

SAXS測試是使用安東帕SAXSpace儀器進行的。表2總結(jié)使用的實驗參數(shù)。

表 2: HAS蛋白SEC-SAXS測試的實驗設(shè)置

對單體蛋白質(zhì)分子的原始散射數(shù)據(jù)進行進一步的分析。確定了單體洗脫峰的散射曲線，并取其平均值?？偣驳玫搅诉@個區(qū)域內(nèi)具有恒定散射曲線的10幀數(shù)據(jù)。然后使用 SAXSanalysis 軟件對這10幀數(shù)據(jù)進行平均并進行背景扣除（圖 3a）

即使在總共只有100 s的極短曝光時間內(nèi)，也能獲得極好的數(shù)據(jù)質(zhì)量。這允許使用SAXSanalysis 對散射曲線進行Guinier外推來計算回轉(zhuǎn)半徑（Rg）。

Rg值為2.8 nm，這與文獻值吻合較好。

為了獲得實空間結(jié)構(gòu)的信息，利用GIFT軟件對散射曲線進行了傅里葉變換。圖 3b所示的是對距離分布函數(shù)（pddf）結(jié)果，顯示的是dmax約為10.4 nm的典型單分散蛋白結(jié)構(gòu)的pddf。